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circRNA研究匯總 | 20200224-0301
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2020-03-02 | 906 次瀏覽 | 分享到:

歡迎各位來到“circRNA研究報道匯總”欄目,本期從pubmed中檢索收集最新發布的circRNA文獻共計31篇,下面我們一起來看看,circRNA研究最近有哪些新進展。

檢索式:(circRNA[Title/Abstract]) OR Circular RNA[Title/Abstract] 



1、Circ-MALAT1既可以作為mRNA翻譯制動器,也可海綿吸附microRNA來促進肝細胞癌干細胞的自我更新

標題:Circ-MALAT1 Functions as Both an mRNA Translation Brake and a microRNA Sponge to Promote Self-Renewal of Hepatocellular Cancer Stem Cells.

雜志:Adv Sci (Weinh) 

影響因子:15.804

通訊作者:Chuanbin Mao(美國克拉荷馬大學)和劉善榮教授(上海長海醫院)


已知環狀RNA(circRNA)和癌癥干細胞(CSC)均與癌癥有關,但它們之間的相互作用仍不清楚。上海長海醫院劉善榮教授、美國俄克拉荷馬大學Mao Chunbin等人發現長鏈非編碼RNA-MALAT1反向剪接產生的circRNA—circ MALAT1調控了肝細胞CSC自我更新。在RNA結合蛋白AUF1的介導下,Circ-MALAT1在臨床肝細胞癌樣本的CSC中顯著高表達。出乎意料的是,circMALAT1在核糖體中起剎車作用,通過與核糖體和mRNA形成新的三元復合物,從而阻止PAX5 mRNA的翻譯并促進CSCs的自我更新。這種新發現的circRNA制動機制稱為mRNA制動,結合其更傳統的miRNA海綿作用,該研究揭示了circRNA-circ MALAT1介導的轉錄后調控的雙重模式,可維持特定的細胞狀態。


圖注:circRNA-circ MALAT1介導的mRNA翻譯制動和microRNA spong轉錄后調控的雙重模式維持肝細胞癌干細胞自我更新作用機制示意圖



2、
CircMUC16通過與ATG13和miR-199a相互作用促進上皮性卵巢癌的自噬。

標題:CircMUC16 promotes autophagy of epithelial ovarian cancer via interaction with ATG13 and miR-199a.

雜志:Mol Cancer 

影響因子:10.679

通訊作者:胡建國 (重慶醫科大學附屬第二醫院)


卵巢癌(EOC)是最常見的婦科惡性腫瘤之一,死亡率很高。盡管卵巢癌的化學療法和放射療法取得了快速進展,但復發性卵巢癌患者基本上無法治愈。不幸的是,卵巢癌的分子病因學仍然難以捉摸。環狀RNA(circRNA)是近年來發現的一類非編碼RNA。CircRNA具有多種生物學功能,包括調節細胞增殖,侵襲,凋亡等。circRNA在卵巢癌中的表達及其作用尚無完整而系統的研究。這項研究中,研究者通過新一代測序(NGS)技術對EOC組織和健康的卵巢組織進行了全基因組circRNA分析。與健康的卵巢組織相比,CircMUC16在EOC組織中的表達顯著增加。circMUC16的表達與EOC的階段和等級有關。因此,沉默circMUC16抑制SKOV3細胞的自噬。相反,circMUC16的過表達促進了A2780細胞的自噬。CircMUC16介導的自噬加劇了EOC的侵襲和轉移。從機理上講,circMUC16可以直接與miR-199a-5p結合并減輕對靶Beclin1和RUNX1的抑制。反過來,RUNX1通過促進circMUC16的轉錄來提高其表達。CircMUC16可以直接與ATG13結合并促進其表達。


圖注:CircMUC16調控EOC細胞體內轉移


3、綜述:用于circRNA發現和分析的生物信息學工具。

標題:The bioinformatics toolbox for circRNA discovery and analysis.

雜志:Brief Bioinform

影響因子:9.101

通訊作者:陳亮副教授(汕頭大學工學院計算機系)Garry Wong(澳門大學健康科學學院 )


環狀RNA(circRNA)是40年前鑒定的一類獨特的RNA分子,它是通過線性RNA的反向剪接通過共價鍵連接產生的。測序技術和生物信息學工具的最新進展直接導致circRNA的類型和生物學功能不斷擴大。在技術發展的同時,circRNA的實際應用已經出現,包括將其用作人類疾病的生物標記。目前,與circRNA相關的生物信息學工具可以支持包括circRNA注釋,circRNA鑒定和競爭性內源RNA(ceRNA)的網絡分析在內的項目。在這篇綜述中,作者收集了約100種circRNA相關的生物信息學工具,并總結了它們當前的屬性和功能。作者還對circRNA工具出版物進行了網絡分析和文本挖掘,以揭示其持續發展的趨勢。


圖注:circRNA生物信息工具分類



參考文獻列表

序號

主要內容

論文標題

雜志

IF

單位

1

Circ-MALAT1既可以作為mRNA翻譯制動器,也可以作為microRNA海綿來促進肝細胞癌干細胞的自我更新。

Circ-MALAT1 Functions as Both an mRNA Translation Brake and a microRNA Sponge to Promote Self-Renewal of Hepatocellular Cancer Stem Cells.

Adv Sci (Weinh)

15.804

上海長海醫院等

2

CircMUC16通過與ATG13和miR-199a相互作用促進上皮性卵巢癌的自噬。

CircMUC16 promotes autophagy of epithelial ovarian cancer via interaction with ATG13 and miR-199a.

Mol Cancer

10.679

重慶醫科大學附屬第二醫院

3

用于circRNA發現和分析的生物信息學工具箱。

The bioinformatics toolbox for circRNA discovery and analysis.

Brief Bioinform

9.101

澳門大學健康科學學院等

4

Circ-SOX4通過激活Wnt /β-catenin途徑促進非小細胞肺癌的進展。

Circ-SOX4 promotes non-small cell lung cancer progression by activating the Wnt/β-catenin pathway.

Mol Oncol

5.962

溫州醫科大學附屬第二醫院

5

環狀RNA circRNF20通過miR-487a/HIF-1α/ HK2促進乳腺癌的腫瘤發生和Warburg效應。

Circular RNA circRNF20 promotes breast cancer tumorigenesis and Warburg effect through miR-487a/HIF-1α/HK2.

Cell Death Dis

5.959

淄博市中心醫院

6

環狀RNA NT5E通過海綿化microRNA-134促進非小細胞肺癌細胞的生長。

The circular RNA NT5E promotes non-small cell lung cancer cell growth via sponging microRNA-134.

Aging (Albany NY)

5.515

蘇州大學附屬第一醫院

7

ncEP:人工整理經過實驗驗證的ncRNA編碼的蛋白質或肽的數據庫。

ncEP: a manually curated database for experimentally validated ncRNA-encoded proteins or peptides.

J Mol Biol

5.067

南京航空航天大學

8

液體活檢中的外泌體非編碼RNA作為結直腸癌的有前途的生物標志物。

Exosomal Non Coding RNA in LIQUID Biopsies as a Promising Biomarker for Colorectal Cancer.

Int J Mol Sci

4.183

貝魯特美國大學醫學中心

9

CircPRKCI通過上調miR-545目標基因ZEB2的表達來減輕脂多糖誘導的HK2細胞損傷。

CircPRKCI relieves lipopolysaccharide-induced HK2 cell injury by upregulating the expression of miR-545 target gene ZEB2.

Biofactors

3.598

大連醫科大學附屬第二醫院

10

在Aohan細毛羊的毛囊發育過程中皮膚中circRNA的鑒定和表征。

Identification and characterization of circRNAs in the skin during wool follicle development in Aohan fine wool sheep.

BMC Genomics

3.501

青島農業大學

11

circHIPK3通過海綿化miR-107并調節BDNF表達來促進胃癌細胞的增殖和遷移。

circHIPK3 Promotes Cell Proliferation and Migration of Gastric Cancer by Sponging miR-107 and Regulating BDNF Expression.

Onco Targets Ther

3.046

南京醫科大學附屬第一醫院

12

Circ_0058124通過海綿吸附miR-940上調MAPK1表達,從而促進甲狀腺癌的增殖,轉移和代謝能力。

Circ_0058124 Upregulates MAPK1 Expression to Promote Proliferation, Metastasis and Metabolic Abilities in Thyroid Cancer Through Sponging miR-940.

Onco Targets Ther

3.046

臨沂市中醫院

13

環狀RNA circ_0006282通過使miR-155海綿化以上調FBXO22的表達而有助于胃癌的發展。

Circular RNA circ_0006282 Contributes to the Progression of Gastric Cancer by Sponging miR-155 to Upregulate the Expression of FBXO22.

Onco Targets Ther

3.046

安徽省立醫院

14

環狀RNA TUBD1充當miR-146a-5p海綿,通過TLR4途徑影響LX-2細胞的活力和促炎性細胞因子的產生。

Circular RNA TUBD1 Acts as the miR-146a-5p Sponge to Affect the Viability and Pro-Inflammatory Cytokine Production of LX-2 Cells through the TLR4 Pathway.

Radiat Res

2.779

復旦大學附屬中山醫院

15

環狀RNA hsa_circ_0017247通過誘導Wnt/β-catenin信號通路在膀胱癌中充當癌基因。

Circular RNA hsa_circ_0017247 acts as an oncogene in bladder cancer by inducing Wnt/β-catenin signaling pathway.

Eur Rev Med Pharmacol Sci

2.721

上海交通大學醫學院附屬同仁醫院

16

環狀RNA hsa_circ_0010882通過調節PI3K/Akt/ mTOR信號通路促進胃癌的發展。

Circular RNA hsa_circ_0010882 promotes the progression of gastric cancer via regulation of the PI3K/Akt/mTOR signaling pathway.

Eur Rev Med Pharmacol Sci

2.721

蘭州大學第一醫院

17

環狀RNA circ_0079593通過海綿化miR-499a-5p來調節KPNA2表達,從而促進神經膠質瘤的發展。

Circular RNA circ_0079593?promotes glioma development through regulating KPNA2 expression by sponging miR-499a-5p.

Eur Rev Med Pharmacol Sci

2.721

濟南市第五人民醫院

18

環狀RNA circ-ABCB10通過靶向KLF6促進甲狀腺癌的增殖和侵襲。

Circular RNA circ-ABCB10 promotes the proliferation and invasion of thyroid cancer by targeting KLF6.

Eur Rev Med Pharmacol Sci

2.721

威海市中心醫院

19

環狀RNA hsa_circ_0011946通過上調PCNA促進口腔鱗狀細胞癌的細胞生長,遷移和侵襲。

Circular RNA hsa_circ_0011946 promotes cell growth, migration, and invasion of oral squamous cell carcinoma by upregulating PCNA.

Eur Rev Med Pharmacol Sci

2.721

哈爾濱醫科大學附屬第四醫院

20

環狀RNA-CDR1as充當microRNA-641的海綿,促進骨關節炎的進展。

Circular RNA-CDR1as acts as the sponge of microRNA-641 to promote osteoarthritis progression.

J Inflamm (Lond)

2.662

上海市第六人民醫院

21

Circ-IGF1R在非小細胞肺癌中抑制細胞侵襲和遷移。

Circ-IGF1R inhibits cell invasion and migration in non-small cell lung cancer.

Thorac Cancer

2.524

廣西醫科大學附屬第一醫院

22

沖擊流場中內皮細胞中差異表達的環狀RNA的分析。

Analysis of differentially expressed circular RNAs in endothelial cells under impinging flow.

Mol Cell Probes

2.511

南昌大學第一附屬醫院

23

circPVT1通過調節骨肉瘤中的miR-205-5p/c-FLIP軸促進侵襲和轉移。

circPVT1 Facilitates Invasion and Metastasis by Regulating miR-205-5p/c-FLIP Axis in Osteosarcoma.

Cancer Manag Res

2.243

中南大學湘雅醫院

24

CircHIPK3通過海綿化miR-330-5p和靶標RASSF1來促進胰腺癌細胞中的吉西他濱(GEM)抗性。

CircHIPK3 Promotes Gemcitabine (GEM) Resistance in Pancreatic Cancer Cells by Sponging miR-330-5p and Targets RASSF1.

Cancer Manag Res

2.243

中南大學湘雅三醫院

25

circPCNX和Pecanex通過抑制miR-506促進肝癌細胞的生存能力。

circPCNX and Pecanex Promote Hepatocellular Carcinoma Cell Viability by Inhibiting miR-506.

Cancer Manag Res

2.243

青島大學附屬醫院

26

環狀RNA hsa_circ_0000467通過與MicroRNA miR-326-3p競爭性結合來促進胃癌的發展。

Circular RNA hsa_circ_0000467 Promotes the Development of Gastric Cancer by Competitively Binding to MicroRNA miR-326-3p.

Biomed Res Int

2.197

蘇州大學附屬第三醫院

27

環狀RNA ciRS-7在各種癌癥中的預后價值:PRISMA的薈萃分析。

Prognostic Value of Circular RNA ciRS-7 in Various Cancers: A PRISMA-Compliant Meta-Analysis.

Biomed Res Int

2.197

中國醫科大學附屬第一醫院

28

Circ-PRMT5通過靶向miR-188-5p / HK2軸增強肝癌細胞的增殖,遷移和糖酵解。

Circ-PRMT5 enhances the proliferation, migration and glycolysis of hepatoma cells by targeting miR-188-5p/HK2 axis.

Ann Hepatol

1.895

襄陽市第一人民醫院

29

Hsa_circ_0003645通過在肝細胞癌細胞中吸附microRNA-1299顯示出致癌作用。

Hsa_circ_0003645 shows an oncogenic role by sponging microRNA-1299 in hepatocellular carcinoma cells.

J Clin Lab Anal

1.728

寧波華美醫院

30

CircAP2A2通過使miR-382-5p海綿化調節VEGFA的表達,從而作為ceRNA參與嬰兒血管瘤的發展。

CircAP2A2 acts as a ceRNA to participate in infantile hemangiomas progression by sponging miR-382-5p via regulating the expression of VEGFA.

J Clin Lab Anal

1.728

寧波市臨床病理診斷中心

31

新一代測序技術研究支氣管肺發育不良的早產兒外周血中的環狀RNA譜。

Next-generation sequencing to investigate circular RNA profiles in the peripheral blood of preterm neonates with bronchopulmonary dysplasia.

J Clin Lab Anal

1.728

南京醫科大學附屬兒童醫院

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