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ncEP | 收集ncRNA編碼的蛋白質或多肽的數據庫
來源: | 作者:geneseed | 發布時間: 2020-03-05 | 679 次瀏覽 | 分享到:

近日,東南大學醫學院王麗虹南京航空航天大學姜偉、宋曉峰教授為共同通訊作者發表一個專門收集ncRNA編碼的蛋白質或多肽的數據庫——ncEP,文章發表在Journal Of Molecular Biology雜志上。ncRNA可以參與許多生物學過程,例如細胞生長,發育,代謝,死亡等。最初,這些ncRNA僅被視為“非翻譯” RNA。近來,越來越多的證據表明,諸如lncRNA,circRNA和miRNA等非編碼RNA(ncRNA)可以編碼蛋白質或肽,其通常少于100個氨基酸。目前研究者已經提出了幾種高通量預測ncRNA編碼的蛋白質或肽的方法。但是,缺乏一套標準的ncRNA編碼蛋白或肽的金標準,因為低通量的經過實驗驗證的肽散布在大量文獻中,而沒有系統的記錄。ncEP數據庫創建者希望專門為ncRNA編碼的蛋白質或肽而精心設計的數據庫,可以豐富ncRNA翻譯的知識。


ncEP數據庫包含來自已發表文章的,由ncRNA編碼的低通量實驗驗證蛋白或肽。每個條目均包含有關蛋白質或肽名稱,實驗物種,染色體位置,蛋白質或肽序列,蛋白質或肽長度,ncRNA類型,ncRNA名稱,實驗技術,實驗樣品(細胞系和/或組織),亞細胞位置的詳細信息,蛋白質或多肽功能,參考信息(PubMed ID,出版年份,論文標題)等。ncEP共包括80個條目,其中包括來自50多種論文的18種物種的22個lncRNA,9個circRNA,9個pri-miRNA和37個其他非編碼RNA編碼的蛋白質或肽。此外,ncEP提供了一個在線基因組瀏覽器,以顯示ncRNA,蛋白質或肽的基因組位置及其物種保守性。

ncEP數據庫提供了多種檢索途徑,可以通過蛋白/多肽名稱或ncRNA名稱進行搜索還可以按基因組位置進行搜索。




按基因組位置搜索。您可以通過基因組位置查詢蛋白質或多肽。首先,您可以從物種下拉列表中選擇物種,例如“人類Homo sapiens”。然后,從染色體下拉列表中選擇染色體編號,例如“ 4”。接下來,您應該在查詢文本框中輸入基因組起始位點(例如“ 152321585”)和終止位點(例如“ 164899063”),然后按“搜索”按鈕。結果列出了與您輸入的“人類(人類)”,“ 4”,“ 152321585”和“ 164899063”相關的所有潛在條目。返回有關蛋白質或肽和ncRNA的基本信息。



ncEP還集成了一個在線基因組瀏覽器,用于可視化蛋白質或肽,ncRNA和物種保守性信息的基因組位置。ncRNA,肽和物種保護信息在基因組瀏覽器中顯示為三個獨立的軌道。如果您不知道蛋白質,肽或ncRNA的名稱,也可以根據ncEP在基因組瀏覽器中的基因組位置進行搜索。



ncEP數據庫網址:www.jianglab.cn/ncEP/



參考文獻

1.Liu H, Zhou X, Yuan M, et al. ncEP: a manually curated database for experimentally validated ncRNA-encoded proteins or peptides[J]. Journal of Molecular Biology, 2020.

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